根据《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第62号）：

　　取得综合所得需要办理汇算清缴的纳税申报

　　取得综合所得且符合下列情形之一的纳税人，应当依法办理汇算清缴：

　　从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除后的余额超过6万元；

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　　需要办理汇算清缴的纳税人，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。纳税人有两处以上任职、受雇单位的，选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报；纳税人没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或经常居住地主管税务机关办理纳税申报。

　　纳税人办理综合所得汇算清缴，应当准备与收入、专项扣除、专项附加扣除、依法确定的其他扣除、捐赠、享受税收优惠等相关的资料，并按规定留存备查或报送。

　　纳税人取得综合所得办理汇算清缴的具体办法，另行公告。

　　因此，应该由两家公司每月分别预扣预缴，个人年终进行汇算清缴。

案例说明

　　小张在省会A公司任职的同时，又利用休息时间在B公司兼职，同A、B公司均签订《劳动合同》， 2019年小张在A公司任职，月薪10000元；在B公司任职，月薪6000元，小张2019年每月可扣除子女教育和住房租金两项专项附加扣除共2500元。不考虑小李的专项扣除和依法确定的其他扣除。

　　问题：A、B两公司应如何计算并预扣小张工资薪金个人所得税。小张2020年3月办理汇算清缴时应补（退）多少税款？

　　解析：

　　小张在A、B公司均取得“工资、薪金所得”，依法按照累计预扣法代扣代缴个人所得税。

　　A公司全年累计预扣个人所得税：

　　（10000*12-60000-2500*12）*3%=900元

　　B公司全年累计预扣个人所得税：

　　（6000*12-60000)*3%=360元

　　2020年小张汇算清缴：

　　应纳税所得额=（10000*12+6000*12-60000-2500*12）=102000元

　　应补（退）税额=102000*10%-2520-900-360=6420元